Problema: En xfce con el tema numix instalado el menú whisker se sigue viendo con colores claros a diferencia del resto del panel

Solución: Depende de si estamos usando gtk 2 o gtk 3.

Solución para gtk 2

Añadir al fichero ~/.gtkrc-2.0 las siguientes lineas:

style "whisker-menu-numix-dark-theme"
{
base[NORMAL] = "#2B2B2B"
base[ACTIVE] = "#D64937"
text[NORMAL] = "#ccc"
text[ACTIVE] = "#fff"
bg[NORMAL] = "#2B2B2B"
bg[ACTIVE] = "#D64937"
bg[PRELIGHT] = "#D64937"
fg[NORMAL] = "#ccc"
fg[ACTIVE] = "#fff"
fg[PRELIGHT] = "#fff"
}
widget "whiskermenu-window*" style "whisker-menu-numix-dark-theme"

Solución para gtk 3

Opción a): Definir el tema oscuro como tema por defecto añadiendo al fichero ~/.config/gtk-3.0/settings.ini las siguientes lineas:

[Settings]
gtk-application-prefer-dark-theme = true

Pero esto tiene como desventaja que puede volver oscuras otras aplicaciones menos preparadas para ello y que por lo tanto se verán peor.

Opción b): Editar los estilos de whisker añadiendo al fichero ~/.config/gtk-3.0/gtk.css las lineas:

#whiskermenu-window * {
  border: 0;
  outline: none;
}

#whiskermenu-window {
  background-color: #444;
  color: #ccc;
}

#whiskermenu-window entry {
  background-color: #555;
  color: #eee;
}

#whiskermenu-window button {
  background-color: #444;
  color: #ccc;
}

#whiskermenu-window treeview {
  background-color: #3e3e3e;
  color: #ccc;
}

#whiskermenu-window button:focus,
#whiskermenu-window button:hover,
#whiskermenu-window treeview:selected,
#whiskermenu-window treeview:hover
{
  background-color: #D64937;
  color: #fff;
}

Fuentes: mysudo - wordpress, numixproject - github